Przyjęto, że średniowiecze to okres od upadku Zachodniego Cesarstwa Rzymskiego tj. V w.n.e do momentu wynalezienia druku tj. 1450 r. W tym czasie na rozwój i uprawę ogrodów największy wpływ miały zakony. Benedyktyni budowali swe klasztory na wzgórzach, a Cystersi wybierali żyzne ziemie w pobliżu rzek.
W tym okresie najbardziej popularne były ogrody zamknięte. Taki ogród otoczony murem to hortus conclus. Mnisi zakładali także ogrody kontemplacyjne - z łac. hortus contemplationis - i jego najpopularniejszy rodzaj - wirydarz. Wirydarz to nasadzenia w obrębie murów klasztornych na planie prostokąta z geometrycznymi kwaterami reprezentującymi boży ład (hortus catalogi). Symetria była nie tylko wyrazem piękna, ale także; dyscypliny, spokoju i odosobnienia. Wirydarz otoczony był często krużgankami.
Formę wirydarza miały również ogrody przyszpitalne, które traktowano jako ogrody reprezentacyjne, jak i zielne hortus medicus. Zioła używano do leczenia chorych.
To właśnie Benedyktyni rozpowszechnili ziołolecznictwo w Europie. Ich maksymą były słowa "O chorych należy troszczyć się przede wszystkim i ponad wszystko." W IX wieku Walfridus Strabus, opat klasztoru benedyktynów w Reichenau w dziele „Hortulus” opisał zasady uprawy roślin leczniczych dla potrzeb klasztornych. Benedyktynką była także Św. Hildegarda z Bingen, która w dziełach "Physica" oraz "Causa et curie" opisała działanie około 1000 ziół.
Jeśli wirydarz był wyłącznie reprezentacyjny, to funkcję gospodarczą pełnił wówczas warzywnik i sad. Ale w zależności od panujących warunków wirydarz mógł spełniać wiele funkcji.
Pośrodku ogrodu najczęściej umieszczano rzeźbę, fontannę lub studnię. Punktem centralnym mogło być również drzewo. Ogród średniowieczny był pełen symboliki. Symboliczny był układ nawiązujący do rajskiego Edenu, jak i znaczenie poszczególnych roślin (np. lilii symbolu zmartwychwstania, róż - boskiej miłości itd.). Krajobraz był dobrze rozplanowany i panował tam porządek. Ścieżki przecinały się pod kątem prostym, elementy architektoniczne nawiązywały do kultu, np. fontanna była symbolem Trójcy Świętej.
Wirydarze rozpowszechniły się także w obrębie założeń dworskich i zamkowych. Podobnie jak w klasztorach obsadzano je kwiatami (m.in. różami, lawendą, irysami i liliami) oraz ziołami (w tym: majerankiem, szałwią, bazylią, etc.) W takim ogrodzie można było odpocząć w cieniu drzew na ławeczce przy sadzawce z rybami lub wspomnianej wcześniej fontannie.
W dworskich wirydarzach pojawiały się też zwierzęta. Z tego powodu nazywano je często "rajskim dworem". Wraz z rozwojem sztuki pałacowej wydzielano coraz więcej przestrzeni na specjalne ogrody; na przykład ogrody zabaw - hortus ludi lub tzw. zwierzyńce dla hodowanych tam zwierząt (przede wszystkim ptactwo wodne, ale też kuropatwy, bażanty i przepiórki, zające, króliki, sarny i jelenie).
Katedra Świętego Marcina w Utrechcie i jej ogród:
